Le territoire de gestion du Syndicat Mixte Yonne Médian est situé sur le bassin hydrographique de la Seine, sous unité de l’Agence de l’Eau Seine-Normandie (AESN). Contrairement à d’autres structures gemapiennes du bassin, le SMYM gère 22 masses d’eau affluentes de l’Yonne, qui est une rivière domaniale gérée par Voies navigables de France. Le SMYM gère un bassin versant qui s’étend sur 1 445 km², et qui a pour exutoire la rivière Yonne. Son bassin versant est divisé en 6 sous bassins-versants, qui sont des affluents principaux se jettant dans l'Yonne. Le sous-bassin du nord du département ne regroupe que les têtes de bassins des masses d’eau, suite à un découpage administratif.
Le territoire recouvre en tout ou partie de 9 EPCI pour 126 communes.
- Communauté de l'auxerrois
- Population : 70 669 habitants
- 29 communes
- Surface totale : 417 km²
- 5 représentants titulaires et 3 représentants suppléants au comité syndical
- Territoire à risque important d’inondation de l’Auxerrois (communes de Appoigny, Augy, Auxerre, Champs-sur-Yonne, Gurgy, Monéteau)
- Communauté de communes de l'agglomération Migennoise
- Population : 6 164 habitants
- 8 communes
- Surface totale : 40 km²
- 1 représentant titulaire et 1 représentant suppléant au comité syndical
- Communauté de communes de l'Aillantais en Bourgogne
- Population : 10 431 habitants
- 13 communes
- Surface totale : 256 km²
- 2 représentants titulaires et 1 représentant suppléant au comité syndical
- Communauté de communes Chablis Villages et Terroirs
- Population : 1 194 habitants
- 6 communes
- Surface totale : 42 km²
- 1 représentant titulaire et 1 représentant suppléant au comité syndical
- Communauté de communes du Gâtinais en Bourgogne
- Population : 6 527 habitants
- 16 communes
- Surface totale : 132 km²
- 1 représentant titulaire et 1 représentant suppléant au comité syndical
- Communauté de Communes du Jovinien
- Population : 21 782 habitants
- 19 communes
- Surface totale : 318 km²
- 3 représentants titulaires et 3 représentants suppléants au comité syndical
- Communauté de communes Puisaye Forterre
- Population : 5 671 habitants
- 19 communes
- Surface totale : 156 km²
- 1 représentant titulaire et 1 représentant suppléant au comité syndical
- Communauté de communes Serein et Armance
- Population : 2 252 habitants
- 5 communes
- Surface totale : 22 km²
- 1 représentant titulaire et 1 représentant suppléant au comité syndical
- Communauté de communes de la Vanne et du Pays d'Othe
- Population : 1 067 habitants
- 12 communes
- Surface totale : 64 km²
- 1 représentant titulaire et 1 représentant suppléant au comité syndical