La Communauté de l'auxerrois compte 29 communes membres. Tout ou partie de ces 29 communes sont situées dans le bassin versant de Yonne Médian.
- Appoigny
- Augy
- Auxerre
- Bleigny-le-Carreau
- Branches
- Champs-sur-Yonne
- Charbuy
- Chevannes
- Chitry
- Coulanges-la-Vineuse
- Escamps
- Escolives-Sainte-Camille
- Gurgy
- Gy-l'Évêque
- Irancy
- Jussy
- Lindry
- Monéteau
- Montigny-la-Resle
- Perrigny
- Quenne
- Saint-Bris-le-Vineux
- Saint-Georges-sur-Baulche
- Vallan
- Venoy
- Villefargeau
- Villeneuve-Saint-Salves
- Vincelles
- Vincelottes