La CC de l'Aillantais en Bouirgogne est composée de 13 communes. Tout ou partie de ces 13 communes sont situées dans le bassin versant de Yonne Médian.
- Chassy
- Fleury-la-Vallée
- La Ferté Loupière
- Le Val d'Ocre
- Les Ormes
- Merry-la-Vallée
- Montholon
- Poilly-sur-Tholon
- Saint-Maurice-le-Vieil
- Saint-Maurice-Thizouaille
- Senan
- Sommecaise
- Valravillon