La CC du Jovinien est composée de 19 communes. Tout ou partie de ces 19 communes dans le bassin versant de Yonne Médian.
- Béon
- Brion
- Bussy-en-Othe
- Cézy
- Champlay
- Chamvres
- Cudot
- Joigny
- La-Celle-Saint-Cyr
- Looze
- Paroy-sur-Tholon
- Précy-sur-vrin
- Saint-Aubin-sur-yonne
- Saint-Julien-du-Sault
- Saint-Martin d'Ordon
- Sépeaux-Saint-Romain
- Verlibn
- Villecien
- Villevallier