La CC du Gâtinais en Bourgogne est composée de 26 communes. Seules 16 communes sont en tout ou partie situées dans le bassin versant de Yonne Médian.
- Brannay
- Bussy-le-Repos
- Chaumot
- Cornant
- Egriselle-le-Bocage
- Fouchères
- ixy
- Nailly
- Piffonds
- Saint-Agnan
- Subligny
- Vernoy
- Villebougis
- Villeneuve-la-Dondagre
- Villeroy
- Villethierry